纳米技术及应用国家工程研究中心是经国家发展和改革委员会（发改高技[2003]1385文件）于2003年10月批准设立的，国内唯一一家的纳米技术及应用工程研究中心。
中心依托由上海交通大学、复旦大学、华东师范大学、中科院上海微系统与信息技术研究所、中科院上海硅酸盐研究所、上海医药工业研究院、上海市纳米科技与产业发展促进中心等十家发起单位共同出资组建而成的“上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司”进行管理。中心项目总投资1.82亿元人民币，在2004年至2007年间均被列入上海市重大工程建设项目以及国家高技术产业发展项目计划。
中心成立的宗旨是：集中上海乃至全国在纳米技术开发领域的优势力量，围绕具有明确市场需求的技术与产品，开展研发与成果推广，促进我国纳米技术产业的发展，推动传统产业的升级换代，发展高科技产业，为我国的国民经济建设、社会发展和国家安全提供技术支撑。